De federale overheid stelt voor de netwerkcoördinatie 100.000 euro bijkomende financiering op jaarbasis ter beschikking. Daarnaast beschikt ieder netwerk over 37.017,43 euro die voortkomt uit de integratie van de brugfunctie tussen justitie en de actoren van de geestelijke gezondheidszorg (in het kader van de uitbouw van het zorgtraject voor justitiële jongeren). Deze middelen worden toegekend d.m.v. een B4-overeenkomst met een ziekenhuis dat deel uitmaakt van het netwerk (cfr. template voor de beschrijving van het netwerk). Dit ziekenhuis draagt de ontvangen middelen integraal en onverwijld over aan het netwerk. Hieruit volgt dat iedere partner die deel uitmaakt van het netwerk de werkgever kan zijn van de personen die de netwerkcoördinatie invullen. Deze partner ontvangt de middelen voor de netwerkcoördinatie.

De netwerkcoördinatie functioneert autonoom en onafhankelijk. Ze beschikt over één aanspreekpunt gesitueerd op een neutrale locatie zodat niet de indruk gewekt wordt dat de coördinatie gelieerd is aan één of enkele netwerkpartners.

Naast deze financiering vanuit de federale overheid investeren ook de gemeenschapsoverheden in de netwerkcoördinatie. Zij integreren de financiering van de overlegfunctie voor kinderen en jongeren van de overlegplatforms geestelijke gezondheidszorg in de netwerkcoördinatie. De timing en modaliteiten van deze integratie worden tijdig gecommuniceerd.